Le siège de Frontex est situé à Varsovie, en Pologne, au Plac Europejski 6.
Frontex dispose également de bureaux en :
- Belgique, “en tant qu’interface locale permanente entre Frontex et les institutions de l’UE ou d’autres organes pertinents de l’UE basés à Bruxelles” : Avenue d’Auderghem 18 – Bruxelles
- en Grèce : Akti Vassiliadi, Porte E1-E2, Port du Pirée – Piraeus
- Italie, Task Force régionale de l’UE : Via Transito, 74 – Catane
En outre, Frontex a déployé des officiers de liaison dans les États membres de l’UE :
- Autriche, Allemagne, Liechtenstein et Suisse: basés à la Bundespolizei à Potsdam, Allemagne : Heinrich-Mann-Allee 103
- Belgique, Islande, Luxembourg et Pays-Bas: basé à l’Avenue d’Auderghem 18, Bruxelles, Belgique
- Bulgarie: basé à Sofia
- Croatie, Hongrie, Roumanie et Slovénie: basé à Vörösmarty u. 50, Budapest, Hongrie
- République tchèque, Pologne et Slovaquie: basé à Bratislava
- Danemark, Finlande, Norvège et Suède: basé à Stockholm
- Estonie, Lettonie et Lituanie: basée à Čiekurkalna 1. līnija, K-2, pièce n° 230, Riga, Lettonie
- France: basé à Paris
- Grèce, pour couvrir la Grèce et Chypre: basé à Athènes
- Italie et Malte: basée à Rome
- Espagne et Portugal: basé à Madrid
Et vers certains pays non membres de l’UE :
- Turquie: basée à Ankara
Niger: basé à Niamey
Balkans occidentaux: basé à Avenija 19a Building Vladimira Popovica 40/V, Belgrade, Serbie et à Tirana, Albanie - Sénégal: basé à Dakar